防治
本校遵循法規，致力環保節能減廢、污染預防，2013年建置並通過ISO14001環境管理系統，透過系統P-D-C-A循環及每年定期內外部稽核，持續導入系統管理，落實執行污染預防、設備監測，空氣品質管理、廢棄物資源回收、毒化物管理、廢(污水)減量、飲用水等防治措施。
空氣品質管理
本校遵循環保相關法規規定，於保健大樓頂樓設置空氣污染防治水洗塔，有效捕捉實驗場所抽排氣設備所排放之空氣污染物，並每年定期清洗，維護水洗塔之功能。並於保健大樓四樓設置空氣盒子，隨時監測空氣中細懸浮微粒（PM2.5），讓教職員生可瞭解校園環境空氣品質情形。
本校積極推動各項室內空氣品質管理維護措施，自主性半年進行巡檢，其中圖書館為室內空氣品質管理法公告場所，2021年定檢結果除符合法令標準外，並通過行政院環境保護署室內空氣品質自主管理「優良級」標章認可，提供教職員生舒適良好之空氣品質的閱讀環境。
廢(污)水管理
本校廢(污)水來源包含實驗室洗滌廢水(液)及校區內餐廳、宿舍浴廁及各大樓廁所產生之生活污水，收集後經由校區污水處理系統處理至放流或納管標準後，排放至旱溪流域。本校設有三座生活污水處理場，除配置專人專責處理教室、辦公室、宿舍及餐廳等之排水之外，生活污水廠污泥均定期委託合格廠商清運；一座實驗室廢水處理場，設有專人專責處理實驗室之洗滌廢水，其污泥亦定期委託合格廠商清運，清運前委外進行毒性特性溶出試驗；實驗室廢液則依據「教育部學校實驗室廢液暫行分類標準」進行分類儲存，並定期委託合格廠商清運至成功大學環境資源研究管理中心進行處理。2023年廢(污)水總排量為11.989百萬公升，檢驗結果符合放流水水質標準。
廢棄物管理
本校除遵循行政院環保署廢棄物管理現行法規外，並通過ISO 14001:2015環境管理系統驗證，訂定規範落實執行校園環境及資源回收，一般事業廢棄物經分類後，由外包廠商至校內定時定點清運；實驗室感染性廢棄物，包括沾血棉花、動物屍體、針頭及針筒等，均先以專用袋收集，再向環安處填報遞送單，由環安處派員將其運送至感染性廢棄物集中儲存區(冷凍櫃)存放，定期委請合格廠商進行清運處理。本校有害事業廢棄物之產出、儲存、清除及處理等均依規定上網填報相關資料。
本校為減少垃圾處理量及資源回收，積極推動垃圾減量運動，並全力配合環保署垃圾分類政策，校園共設置78處垃圾分類點，提供瓶罐類、塑膠類、紙類、廚餘及一般垃圾等類別之垃圾分類，其中瓶罐類、塑膠類、紙類及廚餘等資源回收及一般廢棄物，委託合格廠商代為清運。
