防治
空氣品質管理
本校遵循環保相關法規規定，於保健大樓頂樓設置空氣污染防治水洗塔，有效捕捉實驗場所抽排氣設備所排放之空氣污染物，並每年定期清洗，維護水洗塔之功能。並於保健大樓四樓設置空氣盒子，隨時監測空氣中細懸浮微粒（PM2.5），讓教職員生可瞭解校園環境空氣品質情形。
本校積極推動各項室內空氣品質管理維護措施，自主性半年進行巡檢，其中圖書館為室內空氣品質管理法公告場所， 2021年定檢結果除符合法令標準外，並通過行政院環境保護署室內空氣品質自主管理「優良級」標章認可，提供教職員生舒適良好的空氣品質閱讀環境。
廢（污）水管理
本校廢（污）水來源包含實驗室洗滌廢水（液）及校區內餐廳、宿舍浴廁及各大樓廁所產生之生活污水，收集後經由校區污水處理系統處理至放流或納管標準後，排放至旱溪流域。本校設有三座生活污水處理場，除配置專人專責處理教室、辦公室、宿舍及餐廳等之排水之外，生活污水廠污泥均定期委託合格廠商清運；一座實驗室廢水處理場，專人專責處理實驗室之洗滌廢水，其污泥定期委託合格廠商清運，清運前委外進行毒性特性溶出試驗；實驗室廢液則依據「教育部學校實驗室廢液暫行分類標準」進行分類儲存，並定期委託合格廠商清運至成功大學環境資源研究管理中心進行處理。2021年廢（污）水總排量為7,781公噸，檢驗結果符合放流水水質標準。
飲用水管理
本校水塔及蓄水池分別計有16及8座，並設有防蟲網，每年定期委託廠商清洗一次。因應各單位需要，本校飲水機共計106台，以年度合約方式委請廠商定期保養維護，進行更換濾心等作業，以維持飲用水水質。同時，依「飲用水設備維護管理辦法」規定實施，委請環保署認證許可廠商每三個月檢驗水質一次（檢驗項目為大腸桿菌群），每次檢驗數量為總台數八分之一，並依輪替方式依序檢驗，歷年來本校飲水機水質均合乎飲用水標準，並於每台飲水機旁明顯處公告水質檢測結果，以揭示教職員生，確保教職員工生飲水安全。2021年檢測結果均符合飲用水標準。
廢棄物管理
本校遵循行政院環保署廢棄物管理現行法規外，並通過ISO14001:2015環境管理系統驗證，訂定規範落實執行校園環境及資源回收，一般事業廢棄物經分類後，由外包廠商至校內定時定點清運；實驗室感染性廢棄物，包括沾血棉花、動物屍體、針頭及針筒等，均先以專用袋收集，再向環安處填報遞送單，由環安處派員將其運送至感染性廢棄物集中儲存區(冷凍櫃)存放，定期委請合格廠商進行清運處理。本校有害事業廢棄物之產出、儲存、清除及處理等均依規定上網填報相關資料。
資源回收
本校為減少垃圾處理量及資源回收，積極推動垃圾減量運動，並全力配合環保署垃圾分類政策，校園共設置89處垃圾分類點，提供瓶罐類、塑膠類、紙類、廚餘及一般垃圾等類別之垃圾分類，其中瓶罐類、塑膠類、紙類及廚餘等資源回收及一般廢棄物，委託合格廠商代為清運。
